Masjid Putra dibina pada 15 Mac 1996, seiring dengan bermulanya pembangunan fasa pertama pusat pentadbiran kerajaan persekutuan di Putrajaya. Dan ia mula digunakan dengan rasminya pada 30 Ogos tahun 2000.
Keseluruhan pembinaan masjid ini berkonsepkan reka bentuk seni bina Parsi zaman kerajaan Safawi yang digabungkan dengan ciri-ciri moden, kontemporari menggunakan pendekatan sains dan teknologi.