Bangunan Muzium Labuan dibina pada tahun 1950-an bagi menempatkan Pejabat Pentadbiran Kolonial British pada ketika itu. Muzium Labuan dibuka secara rasmi kepada umum pada 8 Oktober 2004.
Muzium Labuan mempamerkan sebanyak 707 koleksi yang terdiri daripada artifak sejarah dan etnologi.